Zelfstandigen (zzp-ers) die zelf R&D-werkzaamheden uitvoeren, kunnen via de WBSO eenvoudig hun kosten voor R&D verlagen. Zij kunnen een vast bedrag van de belasting aftrekken, de zogenoemde S&O-aftrek voor zelfstandigen.
Deze bedraagt in 2019 € 12.775,- . Voor startende zelfstandigen is er nog een aanvullende aftrek van € 6.391,- . De zelfstandige moet de R&D-werkzaamheden wel zelf uitvoeren en minstens 500 R&D-uren per kalenderjaar maken. De beide bedragen gelden voor 2019.
Voor 2020 zijn de bedragen momenteel nog niet bekend.